вообще-то если шумит кулер, то это пыль. методов борьбы с нею описаны выше, а еще порыскай по нету там много чего найдешь.
а вот если шумит сам винт - это проблема. и еще какая. обычно такой винт долго не живет. готовся к его замене. и никакая дифрагментация тут не поможет (она спасает если медленно работать комп стал). никакие другие настройки тоже не помогут, разве только снизить обороты винчестера, но это, сам понимаешь, влияет на время доступа к файлам.
а вообще-то почитай технические характеристики, может его шумность в такая и должна быть?